Khi còn hoạt động với chức năng thờ tự của mình, điện Phụng Tiên là một đền thờ nguy nga lộng lẫy với rất nhiều đồ tự khi mà khi sinh thời các vua Nguyễn đã dùng.

Một người Pháp tên Robert R. de la Susse đã gọi điện Phụng Tiên là một bảo tàng ở Hoàng cung Huế. Qua lời mô tả của Susse, năm 1913, điện trông như một bảo tàng với việc hầu hết các bảo vật của các Vua và Hoàng hậu đều được thống kê và đưa vào tủ kính [5] để ở đầu điện từ năm 1911. Đồ được đặt trong tủ có rất nhiều loại: các khẩu súng hỏa mai nguyên do Pháp chế tạo của vua Tự Đức, các đồ đồng do người Việt đúc ở thời Minh Mạng, các loại đồ đồng tráng men, bộ sưu tập tiền đồng, các bảo vật của các đời vua và các chậu lung với cây cỏ, canh san hô được làm bằng vàng và ngọc, cùng với các đồ dùng của vua Tự Đức...[6][7]. Trong số đó bảo vật đặc biệt nhất là hai bộ đồ thờ "tam sự" bằng ngọc bích, hai đĩa lớn đường kính 40 cm; hai bức trấn phong bằng ngọc thạch nguyên bản.[7] Ngoài ra điện còn lưu trữ các bảo ấn, các kim sách, vương miện, đồ uống trà làm bằng vàng nguyên chất.[7]

Về việc chăm sóc hương khói, như trong phần lịch sử có nói về sự phân biệt nam nữ trong thờ cúng ở Điện Phụng Tiên và Thế Miếu. Điện Phụng Tiên do "các cô phụng trực", với đa số là thành viên của Hoàng tộc góa bụa hoặc không lấy chồng ăn ở trong các ngôi nhà phụ trong khuôn viện điện cho đến trọn đời đảm nhiệm (còn Thế Miếu là do Ty Từ Tế phụ trách).[2][5]